NumPy 1.5 Beginner's Guide review

This new NumPy book provides an easy start to NumPy for those who want to churn numbers in Python programming language, whether you don't have much programming background or you are switching from your favorite language. The author of the book uses quite a friendly tone throughout the book. Most of the important aspects of NumPy is well covered with well explained examples. The examples provided are step by step explained, starting from the basic array/matrix creation to more complex tasks like signal analysis and linear algebra related calculations.

To get best out of this book, it is recommended that you would try out the examples and challenge yourself with the exercises given in have a go sections of the book. If you are feeling lazy for some reason, you can get the source code from the book's page. I finished perusing the book in about a week (having a few years of NumPy experience has definitely role in this). For me reading and understanding through stock market related examples were a bit boring, but if you are in to financial business you might enjoy putting NumPy in your toolstack with the help of this book. Notably, besides the basic NumPy beginners chapters, the book extends into basic Matplotlib and SciPy lands. A lot of examples use Matplotlib to create plots and better illustrate the operations at hand (e.g. curve fitting, statistical distributions) It is a bit surprising to see MaskedArray module didn't get any mention in the book. However, with the basics you gained, it should be fairly easy to start experimenting with masked array functions of NumPy.

Overall, if you are looking for a book to get started in NumPy in about 200 pages, you might give this one a chance. It is available in both print and electronic formats. Further on, you can try their advanced matplotlib and and Sage books, if you are willing to enhance your scientific Python skills.

Final Note: I received a review copy from the publisher. Thanks to Packt publishing for their contributions to open-source literature and providing me a free copy of the book.

Virgin Adaları'ndan dönüş

Buradan oraya gidiş oradan buraya gelişten daha kolaydı nedense. Yükseklik farkından olsa gerek herhalde. Taa 2000 üstü metrelerden deniz seviyesine varmak nispeten daha kolayca oldu. O kadar bisikletimi götürmeyi istesem de adaya, bu isteğimi bir türlü gerçekleştiremedim. Halbuki onca zamandır da bisikletin içinde geldiği kutusunu saklamaktayım, olurda bir gün bir adaya giderim, olurda bisikletimi götürmek isterim diye. Ne adada bisiklete binebildim, ne de adanın çevresini koşarak ya da kanoyla kürek çekerek dolaşma hayalim gerçek oldu. Artık bu hayaller başka bir zamana kaldı. Karayipler’de 7000’i aşkın irili ufaklı ada varmış. Bir gün yine denk gelir adalar etrafında bulutları çalışmak isteyen ve bulutlardaki yağış oluşumunu anlayama çalışan birileri.

Bu aşağıdaki ilginç şekilli ada (her ne kadar konunun genelinden biraz uzak olsa da) KK adlı okur ve arkadaşa gidiyor. Gerçi her ne kadar adanın tapusu bende olmasa da, kendisinin adanın yer bilgisini bulması karşılığında bir sonraki sefere görüşmemizde bir şişe “Cruzan rum” garantilediğini bilmesini isterim. KK, ister desen tanıma kullanabilir, isterse resme ait bilgilerinden uçağın o anki yerini tespit etmeye çalışabilir, ya da olmadı eşe dosta sorabilir, tercih tamamen kendisinin.

Bugün ayın 28’i olmuş. 17 gün ne çabukta gelip geçmiş. Arda kalan günlerde gezip görüleni ve çalışılıp işleneni kısaca özetlemek için bir güzel sözsüz şarkıyla eşlik edilmiş bir resim şovu hazırladım. Şarkı yaklaşık 4 dakika 28 saniye sürüyor. Saniyeler güne tuttu, hadi öyleyse izlenen resim sayısı da adada geçen gün sayısı ile şarkının dakikasından türeyip 17x4 = 68 olsun. Tıklayıp keyifli seyirler dilerim (bu kapanışta çok fazla AA ile seyahat etmekten bir etkilenme olsa gerek :)

Virgin Adaları Günlüğü: -3. Gün

Bugün adaya gelişimin 2. haftası.  Bunca zaman geçmesine rağmen ilk kez C-130'de uçuş fırsatını yakaladım.  Çoktan beri aksatılmış günlüğün bu bölümünü yazarken 10. görevin eve dönüşüne yaklaşık 1.5 saat var. İçerisi bolca gürültülü, kulaklık takmaksızın, kulakları tıkamaksızın yolculuk etmek pek mümkün değil. Gerçi bu uçağın amacı yolculuk etmekten ziyade, bulutların içine uçup onların özelliklerini ölçmek. BUZ-T isminden de anlaşılacağı üzere asıl gaye bulutlardaki buzu ölçmek (gerek miktar, gerek şekil, gerekse de yapısal olarak) ve buzun yağış oluşumundaki işlevini daha detaylıca anlamaya çalışmak.

Uçak bulutları ziyaret ederken ayrıcalıklı ön koltuklarda oturmadıkça, dışarıyı görmek pek mümkün değil. Bugünde ileriye bakan kamera arızalı olduğu için ekranlara kamera resimleri yansımadı --uçağın altına bakan kameradan gelenler hariç.  Ziyareti söz konusu olan bulutlar epeyce gelişmiş olduklarından içerlerine doğru dikey hava hareketi epey güçleniyor. Bu sebeple emniyet (bu kelime önemli) kemerlerini açıp dolaşmak pek akıl karı bir iş değil. Bana göre “Havaların Kralı” ile bulutları ziyaret daha eğlenceliydi çünkü içerdeki herkes dışarıdaki durumu rahatça görebiliyordu, ama bu uçakta bulutları anlamamıza yardımcı olan çok daha fazla sayıda araç gereç mevcut.  Mesela bu ucuşta kaydedilen veri sayısı yaklaşık olarak 500 ve 6 saatten uzun süren yolculuğun ardından her saniyede bir kez örneklenmiş verilerden oluşan dosyanın boyutu yaklaşık 130MB civarında.

Sağ yanımda iki tane büyük hava tüpü, önümde bulut çekirdeği sayma ve ölçme cihazı, sol yanımda önündeki cihazlarla ve bilgisayarla meşgul biri, dişlerimin arasında az önce yediğim elmadan sadece geriye kalan sapı, başımda içinden bulut alakalı konuşmalar geçen kocaman bir kulaklık ve, ve aklımda bir türlü çıkmak bilmeyen bir güzel S, daha hala 1 saatlik yol var geri dönüşümüze...

Virgin Adaları Günlüğü - 2. Gün

Dün pek bir değişik etkinliği olmayan bir gündü. Gözlükler yine buğulandı, garip kuşlar yine ötüp durdu, deniz sakinliğini korudu, bilgisayar başında yapılan çalışmalar devam etti, 5. araştırma ucuşun ardından 36 kişi bir odada bir araya gelip uçuş değerlendirmesinde bulundu ama gece yağmur yoktu.  Günün önemli olaylarından biri uçuşlara katılabilmem için gerekli kısa güvenlik eğitimini tamamlamış olmamdı. Öğlen bunu yazarken gürültüsü bol, içinde ve dışında bir dünya ölçüm araç ve gereci olduğundan bahsettiğim uçağın içindeyiz. Bugün uçuş yok ama içerde olağan koşuşturmacalar sürmekte, bulutlarında istemesiyle bir-iki güne uçuşa gidiş yakındır.

Virgin Islands Diary - Day 1

Today I have once again realized that, I can't think the same way in Turkish as I do in English and vice versa. Yesterday night, and this morning I tried to translate my first diary posting to English, but to no avail. Neither I was able to list the words as nicely I did in Turkish nor my sleepy eyes were able to fight more. So I have decided to alternate these island blogs in between languages. Writing Turkish for even days and English for odd days unlike I originally planned to write dual language for all days. Unlike me, Erden Eruç can handle dual language blogging (as well as circumnavigating the earth) very well with using the beautiful intricacies of both languages. Three years of staying in an English speaking country apparently is not enough for me, still lots of grammar mistakes, still asking toothbrush instead of toothpaste and filling in arrival dates instead of departure dates in forms. Of course, fatigue from long travel and not getting proper sleep, high humidity and trying to focus on writing and improving an important research related text and the rash of trying to response for those who wonders about me using this turtle speed internet connection. Tell me please, where is my grammar fairy?

Day 1 goes fast indeed. Waking up 7:30 and trying to cope with the high humidity and heat aren't as easy as it looks. Think of it like living in your bathroom while your hot shower is on. Luckily these rooms have air conditioning to make life easier. It feels like changing climates from going inside and out and outside in. I don’t remember glasses getting fogged in summer, like you step inside a warmer place from a colder place. It was a busy day today. Finally we have created an almost page long draft that describes our efforts about numerical cloud parcel model experiments that will go in a report. It took many hours indeed to finalize those few paragraphs. Each sentence triggered a new question and each question lead to a new thought provoking discussion. In our case, even jokes turned into deep intellectual conversations and sometimes deep intellectual conversations into jokes. Anyone out can tell me what "exact non-equilibrium thermodynamics" really means? :) or how Thales' deductive reasoning could play role in explaining your thought process while delving deep into the explanation of internal cloud model interactions? Probably floating on the ocean while sipping a cold drink might cause similar triggers in one's mind. Still yet to try if this claim is true or not. Students of science occupation tend to verify things, don't they?

Even though I wasn’t able to fly today, I had chance to connect to the C-130 data system to see the measurements in real-time. This is great since without being in the aircraft you can observe how things are looking out there, except experiencing some cloud bumpiness and sharp research maneuvers. Today they performed the 4th research flight. The previous 3 research flights have already been processed and shared. Meaning I have more data to study and understand. I like variety yes, and I have atmospheric dataset collections from many different locations of the earth. When I want to go the South Pacific or Arabia or even to the central US (actually, I just go there instead of all these buzz :D), I just browse into my folders and have a fresh look at what those probes tell me, what the radar reveal, and how their imagers capture clouds like. More research is on the way, so better tigthen my mind.

Those flurries have visited us again at around the same time like they did last night. Free nightly washing service. No wonder this tropical island is so green :)

Virgin Adaları Günlüğü - 0. Gün

Bir kez daha SciPy konferansına gitmek isterken, yolum başka bir yöne düşüyor.  Gerçi bu kez gidilen yer okyanus aşırı değil, aksine okyanus içinde bir yerde: Virgin adalarında.  Bir dünya dolusu atmosferik ölçüm cihazı bulunan bir uçakla buzun yağış oluşumundaki etkisini araştırmak daha cazip geldi sanırım bu sefer :) Hem C-130 ile ilk defa uçacak olmak hem de birkaç zamandır okuduğum makalelerin yazarları ile tanışacak olmak bu işi gerçekten çok heyecan verici kılıyor.

Adaya ulaşması epey zaman aldı. İki uçak ve bir otobüste geçen, beklemelerle birlikte 15-16 saat süren bir yolculuk oldu.  Sonrasında uykulu gözlerle gecenin köründe yazılan bu yazı ve yazılması gereken bir paragrafı bitirmenin telaşı.  Keşke sadece bitmeyenler bunlar olsa: geride SciPy11 zamanında tamamlamayı planladığım basit bir bulut modeli, yolculuk sırasında bitiririm dediğim “Termodinamik Yasalarına Çok Kısa Bir Giriş” isimli sesli kitap (bilin bakalım 0. gün ismi nereden çıktı), ve diferensiyal denklemlerin hızlı bir tekrarını yapmamı sağlayan görüntülü ders notlarının son birkaç bölümü hala beni beklemekte.

Öyle ya da böyle bugünden itibaren ikinci saha araştırmama merhaba diyorum. Daha önce Arabistan’da bulutlara uçmuştuk, simdi sıra Karayipler’de gezinen bulutlarda.  Kendime ve takım arkadaşlarıma ölçüme müsait, bol bulutlu, tropik fırtınasız günler diliyorum.  Beni bekleyen ya da bir sebepten beni bekleyemeyen herkese de çok selam şimdiden.  Gecenin bu geç saatinde, dışarısı 25 °C’ye yakın sıcak iken, birden başlayan sağanak yağmur buradaki zamanın çok hareketli geçeceğini haber ediyor sanki.  Biz burada BUZ-T dolayısıyla meşgulken sizlere de buzu eksik olmayan günler diliyorum :)

Records number of citations

It has been a little more than a year since I mentioned about "Record number of equations" in a book about cloud microphysics. This time, the record holder is in a different category, that is the number of references used in a journal article. In her 2003 review article*, Prof. Finlayson-Pitts references a total of 367 articles.

If you are not much in the chemical aspects of the sea salt aerosol but want to learn more about the physical and measurement sides of the subject then you can consult to your one-of-the-high-citing books (over 1800 references) from Lewis and Schwarts (2005)**.

With number of my local article collection reaching over 400 and citation listings reaching up to upper 2 and sometimes 3 digits in most of them, scientific literacy has a great place in the life of a PhD student in atmospheric sciences.

References:
*Finlayson-Pitts, B. J., 2003: The tropospheric chemistry of sea salt: A molecular-level view of the chemistry of NaCl and NaBr. Chem. Rev., 103, 4801-4822.

**Lewis, E. R., and S. E. Schwartz, 2005: Sea Salt Aerosol Production: Mechanisms, Methods, Measurements, and Models. American Geophysical Union, Washington, DC.

Precipitation Diagram

from: http://weatherfaqs.org.uk/node/160

Aerosol effects figure in IPCC Climate Change 2007 report

Figure 2.10. Schematic diagram showing the various radiative mechanisms associated with cloud effects that have been identified as significant in relation to aerosols (modified from Haywood and Boucher, 2000). The small black dots represent aerosol particles; the larger open circles cloud droplets. Straight lines represent the incident and reflected solar radiation, and wavy lines represent terrestrial radiation. The filled white circles indicate cloud droplet number concentration (CDNC). The unperturbed cloud contains larger cloud drops as only natural aerosols are available as cloud condensation nuclei, while the perturbed cloud contains a greater number of smaller cloud drops as both natural and anthropogenic aerosols are available as cloud condensation nuclei (CCN). The vertical grey dashes represent rainfall, and LWC refers to the liquid water content.

IPCC: Climate Change 2007: The Physical Science Basis, in: Contribution of Working Group I to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change, edited by: Solomon, S., Qin, D., Manning, M., Chen, Z., Marquis, M., Averyt, K. B., Tignor, M., and Miller, H. L., Cambridge University Press, Cambridge, UK and New York, NY, USA, 2007.